由于在工業(yè)上，大多數(shù)水垢的成分是一碳酸鈣等難溶鹽的形式存在，所以以碳酸鈣為例解釋電磁抗垢的原理。當然，對于其他的難溶鹽，電磁方法任然有效，且作用原理基本類同。

碳酸鈣晶體主要分為兩種結(jié)構(gòu)：方解石和霰石。其中，方解石在室溫下（＜30℃時）形成，呈六面體結(jié)構(gòu)，而且結(jié)構(gòu)松散，由于它與壁面的附著力比霰石要小得多，所以即使用弱酸就很容易將其清.除掉。而霰石在較高溫度下（＞30℃時）形成，呈正交晶狀結(jié)構(gòu)，結(jié)構(gòu)致密，很難用酸去除。具分析，當溫度大于30℃時，形成的碳酸鈣晶體中80%為霰石，20%為方解石。電磁抗垢的思想正是讓硬水在進入換熱設(shè)備之前促使碳酸鈣形成方解石晶體，由于方解石晶體結(jié)構(gòu)松散，不易結(jié)垢，只需要很小的流速就可以將其帶走，這樣就可以起到防垢的作用。

電磁抗垢的具體機理有如下兩種：

在交變電磁場的作用下，晶體的結(jié)構(gòu)和水分在的物理性能都發(fā)生了變化。

首先，在晶體結(jié)構(gòu)方面，對于未處理的溶液，在換熱器表面由于溫度的影響而形成的霰石型晶體，該晶體結(jié)構(gòu)致密，且附著力強，很難清.除掉。而磁場處理過的溶液，則在換熱表面形成方解石晶體，這種晶體結(jié)構(gòu)松散，對壁面的附著力小，很容易被具有一定流速的流體帶走。另外，由于電磁場的作用，晶體和換熱器壁面之間的靜電場力被破壞，這樣也不以利于污垢晶體的停留。

其次在電磁場的作用下，水分子原來締結(jié)的鏈狀大分子由于氫鍵的斷裂而發(fā)生斷裂，變成單個水分子，并且偶極矩增加，水合作用也增強，這樣就使成垢的陰陽離子和晶粒被水緊密包圍，難于拼接成垢離子之間的靜電引力貳結(jié)合成垢。