水的消毒方法可分化學的和物理的兩種。物理消毒方法有加熱法、紫外線消毒、中壓紫外線消毒、超聲波等法。化學方法有加氯法、臭氧法、 重金屬離子法以及其他氧化劑法等。

其中以加氯法使用較為普遍，因為氯、紫外線消毒和中壓紫外線消毒的消毒能力強，價格便宜，設備簡單，余氯測定方便，便于加量調節等優點而得到廣泛應用。加氯法，除使用氯氣之外，還有氯的化合物，如次氯酸鈉、次氯酸鈣、氧胺類以及在自來水廠”中廣為應用的二氧化氯這是一種比氯的氧化性能更為強烈的氧化劑。消毒還可以用非氧化型殺生物劑，如氯酚類消毒劑和季鐵鹽類化合物。研制的二硫氰酸亞甲酯、鹽酸十二燒基胍、有機澳化物等，以及國內研制成功的NL 4. SQS等都是有效的消毒劑，此外，早期使用的還有鋼鹽，如硫酸銅等殺生劑，這些都屬于化學方法的消毒。

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