要防止樹脂遭受污染必須控制好各項水處理工藝指標，層層把關。
例如：
1、要搞好混凝澄清處理，必須正確選擇混凝劑，并由試驗確定合適的藥劑投加量，防止鋁鹽、鐵鹽后移，嚴格控制砂濾器、活性炭過濾器出水中的濁度。A13+、Fe3+要小于0.3mg/l；化學需氧量COD小于l mg/l。并通過活性炭過濾來吸附有機物質。
2、搞好預處理的殺.菌滅藻工作，控制好進入陽離子交換器前的余氯量。
3、為了防止再生劑中的雜質對樹指引起的污染，除了要選用優質再生劑之外，對再生劑的運輸和貯存過程中的容器要采取防腐措施，同時要避免混雜裝貨，要有專用車輛及裝貯容器。
4、對于可能接觸樹脂的壓縮空氣，要凈化除油；要防止從脫除二氧化碳器的鼓風機中吸入未凈化的空氣；水源吸水口附近，必須禁止設立油脂碼頭或油船停靠站，防止油脂污染水體。
5、定期用壓縮空氣吹洗樹脂，以去除懸浮物、有機物和鐵等，這樣既可以清.除又可以防止樹脂沾上污染物。
雖然用各種措施來防止樹脂受到污染，但經過一段時間運行之后，樹脂有時還會受到污染，這是除鹽水處理中常見的。這時可采用以下措施進行處理：
(1)陰離子型樹脂容易受污染。污染程度也嚴重。當陰離子型樹脂受污染時，可以用堿性食鹽水法進行處理，其要求如下：

堿性食鹽水法處理加燒堿是增加腐殖酸之類物質的溶解度，并以NaCl與NaOH之比為5的配方來調節pH值為10。此法能除去90％以上的有機物質。水溶液適當加熱，處理會更好。
如果是陽離子型樹脂受到污染，可用酸或食鹽水法除去污染物，處理條件如下：

(2)當嚴重污染時，在堿性食鹽水的溶液中加入適量的次氯酸鈉(一般＜0．5％)，來氧化腐殖酸有機物，使其分解。
(3)改變陰離子樹脂高分子骨架憎水性為親水性。苯乙烯系的高分子骨架，是憎水性的，與腐殖酸相同，這兩個高分子的吸引力都很強，難以解吸。因此，可以用親水性的丙烯酸系高分子骨架，分子間吸引力比較弱，這樣進入樹脂的有機物經過堿再生處理容易解吸出來。
    為防止樹脂污染，使離子交換過程處于良好狀態，經常有計劃地進行樹脂的復蘇處理是很有必要的。