清洗工作開始前，應先打掃和清理管道冷卻塔、冷卻水池已經冷卻設備，然后向水池和循環水系統中充水，開水泵進行循環沖洗。水經過循環待度穩定下來不再增加時，即停止補水和排污，控制hP值為5.5-6.5,然后再向水池中投加清洗劑進行化學清洗。

在化學清洗過程中，有時會出現大量跑末，因此事先要準備好泡劑，當泡沫大量產生時，可將消泡劑加入水池內，加入不久泡沫即可消.除。化學清洗開始時，循環水的濁度和鐵離子會迅速增加，待清洗一段時間后，濁度和鐵離子的增加漸漸緩和平穩下來，待濁度連續三小時不再增加和出入口水中鐵離子不變時，清洗工作即可結束。清洗時間約需24小時左右。清洗工作結束后，應盡可能的大量排水和大量補水進行系統置換，當濁度降到10mg/L以下時，即可開始下一步的預膜處理。